Общественная организация «Центр фольклора и этнографии национальных меньшинств Литвы» была создана в 2006 г. Инициаторами создания были: Антанас Петраускас, в то время – генеральный директор Департамента национальных общин и эмиграции при Правительстве Литовской Республики, Николай Захаров – директор ассоциации «Вильнюсский русский фольклорный центр». Организация – некоммерческое общественное юридическое лицо c ограниченной ответственностью, действующее на основании устава. Учредители Центра -  Департамент национальных меньшинств при Правительстве Литовской Республики, ассоциация «Вильнюсский русский фольклорный центр», Ирена Захарова, которая, со дня  открытия Центра и до настоящего времени, является его директором.